Okulumuz 1966-1967 eğitim-öğretim yılı başında Tokat ilinin tek müstakil ortaokulu olarak hizmete açılmıştır. Açıldığı yıl Gazi Osman Paşa Lisesi'nin orta kısmının öğrencileri okulumuza nakledilmiştir. 1971 yılına kadar Tokat Merkez Ortaokulu adıyla eğitim-öğretim yapmıştır. Bu tarihte öğretmenlerimizin de görüşü alınarak "Atatürk" adını almıştır. 1970 yılında kat ilavesi yapılmış, akabinde ısıtma sistemi kalorifere dönüştürülmüştür. 1977 yılını müteakiben ikili öğretimden normal öğretime geçilmiştir. 1988-1989 eğitim-öğretim yılında 18 derslikli ikinci binamız hizmete girmiştir. Okulumuz; 1988-1989 eğitim-öğretim yılında Atatürk Lisesi, 2010-2011 eğitim öğretim yılında da Atatürk Anadolu Lisesi olmuştur. 2023-2024 eğitim öğretim yılından itibaren de Karşıyaka mahallesindeki binasında ve kayıt alanında hizmet vermeye başlamıştır.